O Prêmio José Reis foi criado pelo CNPq em 1978 como reconhecimento do trabalho do professor José Reis. Ainda em vida, o prêmio levava seu nome. Inicialmente o Prêmio era bienal e os candidatos, sugeridos pela própria comissão julgadora.

Em 1982 tornou-se anual, sofrendo uma profunda reformulação em seu regulamento. No período 1983 a 2013, o prêmio contava com três categorias: "Divulgação Científica e Tecnológica", ao pesquisador ou escritor como divulgador da Ciência; "Jornalismo Científico", ao jornalista destaque da área, e "Instituição", premiando a instituição ou o veículo de comunicação que mais apoiou a divulgação científica. Em 2014, as denominações das categorias "Divulgação Científica e Tecnológica" e "Jornalismo Científico" passaram à denominação "Pesquisador e Escritor" e "Jornalista em Ciência e Tecnologia", respectivamente.

Desde 1995, o Prêmio é concedido anualmente a apenas uma das três categorias, em sistema de rodízio, iniciando-se com "Divulgação Científica e Tecnológica" que, em 2014, passou a ser denominada "Pesquisador e Escritor".

A Edição de 2016 é destinada é à categoria Pesquisador e Escritor, que premiará o pesquisador e escritor enquanto divulgador da ciência, tecnologia, inovação e seus avanços para o grande público.